技术适配与落地兼容性问题
区块链供应链技术需要与企业现有供应链系统进行对接，但多数传统供应链管理系统采用封闭架构，不同企业的系统标准、数据格式差异较大，导致区块链节点接入难度较高。部分中小企业的老旧硬件设备无法支撑区块链节点的运行需求，会出现数据同步延迟、运算能力不足等问题。
数据隐私与商业机密保护矛盾
区块链的核心特性是去中心化和不可篡改，但供应链中涉及大量企业的采购成本、客户信息、产能规划等商业机密，公开上链会直接泄露企业核心竞争力。当前的隐私计算技术虽然可以部分解决该问题，但会增加系统的开发和运维成本，且在跨企业数据共享时仍存在隐私泄露风险。
跨主体协同与权责划分难题
供应链涉及供应商、制造商、物流商、零售商等多个参与主体，区块链需要所有主体统一共识规则，但不同主体的利益诉求存在差异，部分企业不愿共享自身运营数据，导致联盟链的节点参与率不足。同时，一旦供应链出现质量问题或数据错误，跨主体间的权责划分难以通过区块链智能合约完全界定，容易引发商业纠纷。
运维成本与技术门槛问题
区块链供应链系统的搭建需要专业的技术团队进行节点部署、合约开发和日常维护，中小企业往往缺乏对应的技术人才储备，需要外包技术服务，大幅增加了初期投入和长期运维成本。此外，区块链的共识机制、智能合约调试等环节需要专业知识，普通供应链管理人员难以独立完成系统运维和故障排查。
监管合规与政策适配问题
当前全球各国对区块链技术的监管政策尚未完全统一，部分地区对供应链上链数据的存储、流转存在合规要求，比如数据跨境传输需要满足当地的隐私法规。企业在应用区块链供应链技术时，需要适配不同地区的监管要求，否则可能面临合规风险。