交易性能瓶颈问题
基于交易的区块链技术最突出的常见问题之一是交易性能瓶颈。不同共识机制下的区块链系统普遍面临TPS上限限制，比如早期比特币区块链每秒仅能处理约7笔交易，以太坊在未升级前也仅能达到几十笔，远低于传统中心化支付系统的处理能力。
这类性能瓶颈主要源于区块链的去中心化特性，每个节点都需要验证、存储并同步全量交易数据，同时共识过程需要多节点达成一致，额外增加了交易处理的时间成本。
隐私泄露与数据透明的矛盾
基于交易的区块链技术天然具备交易数据全网公开的特性，虽然保障了数据不可篡改，但也带来了隐私保护的难题。对于普通用户而言，其交易地址、交易金额等信息会被全网节点可见，即使使用匿名地址，也可能通过链上数据分析手段关联到真实身份。
部分场景下需要兼顾交易可追溯性和用户隐私，比如金融监管场景需要识别异常交易，但普通用户的日常交易细节不应被无差别暴露，这一矛盾成为基于交易的区块链落地的常见障碍。
智能合约安全漏洞风险
很多基于交易的区块链系统会搭载智能合约实现自动化交易执行，智能合约一旦部署便无法随意修改，若存在代码逻辑漏洞，可能被攻击者利用并引发巨额资产损失。
历史上曾出现多起因智能合约漏洞导致的加密资产被盗事件，比如重入攻击、溢出攻击等，这类问题不仅会影响单个用户的资产安全，还可能波及整个区块链网络的信用基础。
治理与共识协调难题
基于交易的区块链需要节点共同维护网络运行，当网络规模扩大时，节点之间的利益分歧会逐渐显现。比如公链场景下，矿工或验证节点可能为了自身收益优先打包高手续费交易，忽视低手续费但对网络生态有价值的交易。
同时，区块链的升级调整需要多数节点达成共识，涉及协议变更时往往需要漫长的协调过程，难以快速响应市场和技术的快速变化。
交易成本与网络资源消耗
基于交易的区块链需要用户支付一定的手续费来激励节点处理交易，在网络拥堵时手续费会大幅上涨，增加了普通用户的使用成本。此外，全节点需要存储全量交易数据，对于普通用户而言存储成本过高，难以独立运行全节点。
部分区块链项目为了提升性能引入的分片、侧链等技术，也会带来跨链交互的额外成本和复杂度，进一步提升了普通用户的使用门槛。